2025年6月

第二章 各种类型的博士学习模式

读博的三个阶段

  1. 定位
    掌握相关文献，形成研究问题，确定研究问题。细化研究方法
  2. 开展深入研究
  3. 参与研究对话

读博的六个关键步骤

  1. 入学时应该了解一些原则
  2. 撰写研究计划书
  3. 升级或通过考察
  4. 完成年度报告
  5. 填表
  6. 论文提交和答辩

各种类型博士的学习模式

  1. 基本的学习模式
    专注于博士研究
  2. 以研究项目为基础的学习模式
  3. 授课型学习模式
  4. 专业博士
  5. 基于企业
  6. 基于发表成果的模式

指导博士生的三种形式

  1. 单一导师制
  2. 联合培养
  3. 指导小组或者委员会

论文形式

2025-06-23T11:19:05.png

遵循流程和步骤，保持良好的研究习惯

  1. 积累想法
  2. 记录进程
  3. 文献目录
  4. 经常和导师沟通
  5. 起草大纲和摘要，定时更新
  6. 列出待办事项
  7. 定期备份

2025-06-19T11:20:58.png

你必须知道的“读博”那些事

什么是博士学位

多数情况下，毕业论文是对研究能力的证明，其中能够展示以下能力：

  • 选题的精妙
  • 研究洞察力
  • 对制度的尊重
  • 独立研究的能力
  • 阐释结果和拓展的能力

博士学位意味着研究训练，批判性思考能力。

做学位论文需要精湛的技艺

在这里作者做了一个贯穿全书的类比。

攻读博士学位和传统的橱柜制作有不少相似之处。在过去，一个学做橱柜的学徒完成其学徒生涯的重要标志就是做出一个橱柜。如果橱柜外观得当、功能完备，就表明他已经完全掌握了一位杰出的橱柜制作者所需要的全部技能。这个橱柜就被叫作“最终的杰作”。一篇成功通过了答辩的博士论文也扮演着类似的角色。它表明你已经掌握了一位可以凭借自己的能力独立进行研究的研究者所需要的全部技能。

研究生阶段必须掌握哪些技能

  1. 提出一个合适并有价值的研究问题
    问题多数还是从问题中来，尽量不要踌躇了岁月，先从一个问题出发。
  2. 学会使用学术语言
  3. 了解背景文献知识
  4. 运用合适的研究方法
  5. 掌握相关理论
  6. 培养独立研究的能力

工具性行为和表现性行为同等重要

同等重要，但是需要对自己真诚一些。可以表现的很专业，但不要没有一点东西。

导师一般不教的那些秘而不宣的技能

  1. 学会运用“外交”手腕
    刚进入学术界应该低调一些，知道哪些地方需要妥协哪些地方需要坚持。比如老师让你进入不感兴趣的课题中，要先进入其中学习。
  2. 向高手问道
  3. 提出恰当的研究问题
  4. 培养优秀的学术写作能力
  5. 正确而迅速的填写各种表格

一篇合格的博士论文的标准是什么

  1. 有关键要素
    论点完整，评述现有研究，创新性，逻辑清晰
  2. 有所贡献

十个建议

  1. 多读
  2. 多写
  3. 做一份带有说明的文献目录
  4. 有一个“小群体”
  5. 发表你的作品
  6. 问“然后呢”
  7. 不要躲着导师
  8. 多备份（多介质，多方式）
  9. 完整读一篇博士学术论文
  10. 学会平衡得失

软件介绍

FAN-C is a Python (3.6+) toolkit for the analysis and visualisation of Hi-C data. For common tasks, you can use the fanc executable. For more advanced analyses, FAN-C can be imported as a powerful Python module.Manual website: https://fan-c.readthedocs.io/en/latest/index.html

具体使用记录

我使用的功能主要是自动分析，然后进行A/B compartments 和 TAD 分析

自动分析，把命令过一遍但不运行 --run-with test

fanc auto SRR4271982_chr18_19_1.fastq.gzip SRR4271982_chr18_19_2.fastq.gzip output/ -g hg19_chr18_19.fa -i hg19_chr18_19/hg19_chr18_19 -n fanc_example -t 4 -r HindIII --split-ligation-junction -q 30
注：正式运行之前可以加入这个命令 --run-with test，看看文件和文件路径是否正确

AB compartment

fanc compartments -d fanc_example_1mb.domains.bed fanc_example_1mb.ab
fanc compartments fanc_example_1mb.hic fanc_example_1mb.ab
fanc compartments -g hg19_chr18_19.fa -v fanc_example_1mb.ev.txt fanc_example_1mb.hic fanc_example_1mb.ab
fancplot -o fanc_example_50kb.ab_and_ev.png Chr1 -p square fanc_example_50kb.ab -vmin -1 -vmax 1 -c RdBu_r -p line -f fanc_example_1mb.ev.txtoutput/hic/binned/fanc_example_1mb.hic fanc_example_1mb.ab

Topological associating domain (TAD)

fancplot -o fanc_example_100kb_tads.png Chr1:18mb-28mb -p triangular output/hic/binned/fanc_example_100kb.hic -m 4000000 -vmin 0 -vmax 0.05

使用过程中的思考

A/B compartments 分析中多数被子植物重复序列多，GC含量矫正（-g选项）可能会影响结果

Reference
[1] https://fan-c.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html

Contiguity

N50
CC ratio (contig/chromosome ratio)

Completeness

BUSCO
Complete organelle genomes

Correctness

Base-level error rate
Structural error: collapse, inversion, false duplication, chimeric joins

2025-06-17T07:03:42.png

Reference:
A proposed metric set for evaluation of genome assembly quality (https://doi.org/10.1016/j.tig.2022.10.005)

• Length
. contig (scaffold) N50 size, N90 size, total length, CC ratio;
• Accuracy
. Compare to BAC sequence
. Compare to EST or transcriptions (denovo assembly with RNA-seq);
. RNA/DNA Mapping and Coverage (NGS & TGS), and CRAQ;
. Distribution of GC content and GC-Depth;
. Using the LTR Assembly Index (LAI);
. k-mer based assembly evaluation (merqury);
. Compare gene parameters: BUSCO, CEGMA;
. Check the Telomeres & Centromeres & rDNA sequence (T2T level);

域名和服务器申请

申请的腾讯（其他厂的也行）的域名

购买网站 https://cloud.tencent.com/product/domain

服务器使用的是阿里云

通过官网购买服务器

在对应的厂商进行备案（大概一周，需要人脸审核，背景白色）

宝塔安装

到宝塔官网去找安装命令（https://www.bt.cn/new/index.html）

url=https://download.bt.cn/install/install_panel.sh;if [ -f /usr/bin/curl ];then curl -sSO $url;else wget -O install_panel.sh $url;fi;bash install_panel.sh ed8484bec

数据库配置

阿里云的数据库

博客选择

我选择的是Typecho,其他都行看其他人的攻略。